Новая эпоха для отечественных архивов началась в 1991 году, когда на карте мира появилась Республика Беларусь. При этом процесс суверенизации в сфере управления архивным делом республики протекал постепенно, поскольку первоначально обстоятельства не требовали каких-либо немедленных структурных и организационных изменений. Тем не менее необходимо было определиться с будущим архивов Компартии и Комсомола.

Согласно Постановлению Верховного Совета БССР от 25 августа 1991 г. «О временном приостановлении деятельности КПБ – КПСС на территории Белорусской ССР» были опечатаны хранилища и служебные помещения Центрального партийного архива КПБ (ЦПА). В течение довольно длительного времени его судьба была неопределенной. С областными партархивами дела обстояли проще. Уже 24 декабря 1991 г. Главархив направил в архивные отделы облисполкомов письмо «Об организации приема документов партийных архивов и текущего делопроизводства партийных комитетов и обеспечения их сохранности», в котором предписывалось создать на базе партархивов областные госархивы общественных объединений и организаций. При этом должна была быть обеспечена сохранность документов и научно-справочного аппарата. Однако в реальности были созданы лишь два государственных архива общественных объединений – в Гродно, Могилеве и Гомеле. В остальных областях помещения и фонды партархивов были переданы областным госархивам. В декабре 1991 г. на базе Института историко-политических исследований Компартии Беларуси (до октября 1990 г. – Институт истории партии при ЦК КПБ) был создан Белорусский научно-исследовательский центр документоведения и ретроинформации (ныне БелНИИ документоведения и архивного дела – БелНИИДАД). До создания в 1998 г. Белорусского научно-исследовательского центра электронной документации (БелНИЦЭД) он оставался единственной специализированной научной организацией в отрасли.

Между тем, вопрос о ЦПА так и не был решен. В итоге 10 августа 1992 г. ЦГИА был объединен с ЦПА в Национальный архив Республики Беларусь (НАРБ). Возглавил новую структуру бывший директор Центрального партархива Е.И. Барановский, одновременно руководивший созданным на базе ЦПА Центром документов общественных объединений и организаций НАРБ. При этом «историческая» часть Национального архива (Центр исторических документов НАРБ) функционировала автономно, руководила ею бывший директор ЦГИА А.К. Голубович.

Правительство Беларуси приняло 5 октября 1992 г. Постановление «О преобразовании Главного архивного управления при Совете Министров Республики Беларусь в Комитет по архивам и делопроизводству при Совете Министров Республики Беларусь». Тем самым повысился организационный статус органа управления архивным делом. Кроме того, в самом названии подчеркивалась не только важность делопроизводства для решения задач архивного дела, но и равнозначность этих двух сфер. Сам орган управления стал сокращенно именоваться Белкомархив.

Утвержденное 21 мая 1993 г. Совмином Беларуси Положение о Комитете по архивам и делопроизводству определяло Белкомархив как межведомственный орган управления, подчиненный правительству. В перечне задач, ранее стоявших перед Главархивом (госуправление архивным делом и делопроизводством, организация сохранности документов, организация комплектования архивов документами, их использования и т. д.), появились и новые – организация государственного учета документов, установление и развитие связей с иностранными архивными учреждениями, а также участие в создании официальных символов государства, в развитии местной и ведомственной геральдики.

Добавились и новые функции: определение порядка утилизации документов; инициирование судебных исков о передаче в собственность государства архивов юридических лиц, нарушивших законодательство об архивах, не выполнивших законных требований органов государственной архивной службы; разработка норм, регламентация правовой работы в архивных учреждениях; координация деятельности организаций и граждан по собиранию фондов личного происхождения; разработка учебников, пособий, учебных программ для студентов, взаимодействие с местными органами власти и управления по вопросам социального обеспечения архивистов и т. д.

Дальнейшее правовое регулирование архивного дела в стране строилось на основе Закона «О Национальном архивном фонде и архивах в Республике Беларусь», подписанного Президентом 6 октября 1994 г. (с тех пор 6 октября ежегодно отмечается День архивиста). Впервые на уровне закона были зафиксированы основополагающие структурные элементы и принципы работы архивной отрасли. Определялся правовой статус госархивов – республиканских, областных и зональных. Филиалы областных архивов получили название государственных зональных. Законом впервые закреплялось понятие «Государственная архивная служба Республики Беларусь» (ГАС), включавшее госархивы и органы госуправления архивным делом: Белкомархив и отделы по архивам и делопроизводству исполкомов областных и Минского городского Советов депутатов.

Также было введено такое понятие, как Национальный архивный фонд Республики Беларусь (НАФ). Однако его содержание отличалось от использовавшегося в советское время понятия «Государственный архивный фонд». В условиях дифференциации собственности на государственную и негосударственную изменился сам статус документа как объекта права и, в частности, как объекта владения. НАФ был разделен на государственную и негосударственную части. Такая его структура была отражена в утвержденном 20 сентября 1996 г. Указом Президента «Положении о Национальном архивном фонде Республики Беларусь». Данный документ определял порядок учета, хранения, использования архивных документов, а также основы правового регулирования вопросов собственности на них.

Президентским Указом от 22 сентября 1994 г. Комитет по архивам и делопроизводству был подчинен Администрации Президента. При этом, выйдя из подчинения правительства, Комитет сохранил прежнее сокращенное наименование – Белкомархив.

В июле 1995 г. Приказом председателя Белкомархива А.Н. Михальченко «О сети и структуре архивных учреждений» был ликвидирован НАРБ. На базе комплекса документов XIV – начала XX вв. создан Национальный исторический архив Республики Беларусь (с 23 октября 1995 г. – Национальный исторический архив Беларуси), а комплекс документов бывшего ЦПА КПБ объединен с документами Белорусского государственного архива, который был переименован в Национальный архив Республики Беларусь. Чуть раньше Белорусский государственный исторический архив в г. Гродно был переименован в Национальный исторический архив в г. Гродно (с сентября 1996 г. – Национальный исторический архив Беларуси в г. Гродно).

Таким образом, в 1995–1996 гг. завершилось формирование системы республиканских, областных и зональных госархивов, которая остается неизменной до настоящего времени.

Указом Президента от 11 января 1997 г. № 30 «О системе республиканских органов государственного управления, подчиненных Правительству Республики Беларусь» Белкомархив был выведен из подчинения Администрации и преобразован в Государственный комитет по архивам и делопроизводству Республики Беларусь (Госкомархив). Статус Комитета был повышен до уровня республиканского   органа госуправления, а его председатель введен в состав Совета Министров.

Положение о Госкомархиве было утверждено Совмином 26 мая 1997 г. Согласно ему, на Комитет было возложено ведение Государственного страхового фонда документации на объекты и изделия народнохозяйственного и оборонного значения, Гербового матрикула Республики Беларусь (позднее – Государственного геральдического регистра Республики Беларусь), а также создание условий для эффективного использования электронных документов и др.

Повышение статуса органа управления архивным делом позволило решить ряд проблемных для всей отрасли вопросов.  В частности, это касалось повышения эффективности государственного надзора за соблюдением законодательства по архивному делу – в 1998 году была создана Государственная инспекция по архивам и делопроизводству (Госархивнадзор). Также удалось решить социально значимую проблему сохранения документов по личному составу, необходимых для обеспечения законных прав и интересов граждан на социальное страхование и социальное обеспечение. Постановлением Совмина от 26 марта 1998 г.  «Об основных направлениях развития архивного дела и делопроизводства в Республике Беларусь до 2000 года» облисполкомам и Минскому горисполкому было рекомендовано поэтапно образовать районные и городские архивы по личному составу.

Как отдельный вид госархивов районные и городские архивы были включены в новую редакцию Закона «О Национальном архивном фонде и архивах в Республике Беларусь», подписанную Президентом 6 января 1999 г. В целом же в новой редакции ряд норм был скорректирован с учетом опыта их применения на практике. Закон стал более совершенен и точен в формулировках и функционировал вплоть до принятия 25 ноября 2011 г. нового архивного Закона.

Согласно «Положению о государственной регистрации и ликвидации (прекращении деятельности) субъектов хозяйствования», утвержденному Декретом Президента от 16 марта 1999 г., райгорархивы были выведены из категории государственных и получили название территориальных (городских и районных) архивов местных исполнительных и распорядительных органов. В последующие четыре года была создана сеть из 126 территориальных архивов, количество которых на сегодняшний день сократилось до 123.

В сентябре 2001 г. Госкомархив временно утратил статус государственного органа и был преобразован в Национальный центр по архивам и делопроизводству (Центрархив), подчиненный Совмину. Однако 3 июня 2002 г. вышел Указ Президента, по которому Центрархив был преобразован в Комитет по архивам и делопроизводству при Совете Министров Республики Беларусь (Белкомархив) и вернул себе статус республиканского органа управления.

Очередная и на данный момент последняя реорганизация органа управления архивным делом произошла 5 мая 2006 г.: в соответствии с Указом Президента «О структуре Правительства Республики Беларусь» Белкомархив был преобразован в Департамент по архивам и делопроизводству Министерства юстиции. Новый орган получил статус структурного подразделения центрального аппарата министерства с правами юридического лица и полномочиями осуществлять «специальные (исполнительные, контрольные, регулирующие и другие) функции в сфере архивного дела и делопроизводства».

25 ноября 2011 г. был принят новый Закон «Об архивном деле и делопроизводстве в Республике Беларусь». При его разработке было решено уйти от трактовки архива как совокупности архивных документов. Закон определяет архив как «организацию или структурное подразделение организации, осуществляющие прием, хранение, учет и использование архивных документов». Понятия «органы Государственной архивной службы Республики Беларусь» и «учреждения Государственной архивной службы Республики Беларусь» были заменены, соответственно, на «органы архивного дела и делопроизводства» и «государственные архивные учреждения». Из Закона были исключены термины «Государственная архивная служба Республики Беларусь», «информационный ресурс», «тайный архив» и др.

Изменилась и классификация архивов. Согласно Закону, они стали подразделяться на государственные (республиканские, областные, г. Минска и зональные), территориальные (городские или районные), архивы государственных органов, архивы иных организаций.

Также в новом Законе уже не упоминается Свод НАФ, который ранее выступал в качестве банка обобщающей информации о составе и содержании документов Национального архивного фонда. Его заменил Государственный фондовый каталог НАФ (ГФК), который отнесен к республиканским государственным ресурсам и зарегистрирован в Государственном регистре информационных ресурсов Республики Беларусь 22 октября 2001 г. под № 0200100017. С октября 2012 г. информация ГФК о составе, содержании и местонахождении более чем 50 тыс. фондов, хранящихся на постоянном хранении в белорусских государственных архивах доступна на сайте «Фондовый каталог государственных архивов Республики Беларусь».

Кроме того, Законом предусмотрено, что госорганы, иные организации обязаны создавать архивы в целях накопления, хранения, учета и использования образовавшихся в процессе их деятельности документов НАФ. По сравнению с Законом «О НАФ» 1994 г. эта норма приобрела императивный характер.

За годы независимости белорусские архивы и органы управления архивным делом проделали большую работу по строительству и реконструкции архивохранилищ, комплектованию фондов ценными документами, учету и использованию архивных материалов в научных и практических целях. Было улучшено материальное положение архивистов. Серьезных успехов удалось достичь в сфере информатизации архивов и их техническом оснащении. В частности, была разработана Система открытого доступа к документам Национального архивного фонда Республики Беларусь (СОДД НАФ), которая предоставила тысячам пользователей возможность удаленной работы с научно-справочным аппаратом и хранящимися в госархивах документами. Достижения отечественной архивной отрасли не остались незамеченными и на международной арене – белорусские архивисты являются постоянными участниками международных конгрессов и конференций, а их опыт, признанный по многим направлениям передовым, вызывает пристальный интерес со стороны зарубежных коллег.