Вайна і акупацыя нанеслі каласальную шкоду дакументальнай спадчыне Беларусі: было страчана каля 15 млн спраў (з іх 3,7 млн знаходзілася ў дзяржархівах), у тым ліку і найкаштоўнейшыя дакументы, якія захоўваліся ў бібліятэках і музеях; пацярпелі практычна ўсе будынкі архіваў, а іх маёмасць была знішчана або разрабавана. Загінулі амаль усе дакументы за 1930–1941 гг., якія да пачатку нападу Германіі на СССР знаходзіліся ў арганізацыях. У прыватнасці, ужо падчас адной з першых бамбардзіровак Мінска згарэла большасць матэрыялаў Аб’яднанага архіва наркаматаў, які размяшчаўся ў Доме Урада. Іншы яскравы прыклад – лёс фондаў ЦДГА БССР у Магілёве, дзе перад пачаткам вайны захоўвалася больш за 382 тыс. спраў. Большасць гэтых дакументаў была беззваротна страчана, частка з іх была вывезена ў Рыгу і Беласток. Пасля вызвалення Магілёва ў 1944 г. у архіве заставалася ўсяго 44 справы. Прычына такіх цяжкіх страт была ў тым, што ў першыя дні вайны асноўная маса архіўных комплексаў не была своечасова эвакуіравана ўглыб краіны.

З пачаткам нямецкай акупацыі НКУС БССР найперш быў заклапочаны выратаваннем уласных дакументаў, а таксама знішчэннем сакрэтных матэрыялаў. Сакратар ЦК КП(б)Б П. К. Панамарэнка ў дакладной запісцы на імя Сталіна «Аб выніках эвакуацыі з Беларускай ССР», складзенай у ліпені-жніўні 1941 г., пісаў: «Архівы НКУС і НКДБ эвакуіраваны цалкам. Многія наркаматы сакрэтныя архівы знішчылі». З тэрыторыі БССР удалося вывезці больш за 73 тыс. спраў з дзяржархіваў Віцебскай, Вілейскай і Гомельскай абласцей. У заходняй частцы БССР справа з эвакуацыяй архіваў ішла складаней. З-за наймацнейшых бамбардзіровак, якім у першыя дні вайны падвергліся гарады заходніх абласцей Беларусі, вывезці адтуль якія-небудзь дакументы было фактычна немагчыма.

На акупаванай тэрыторыі агульнае кіраўніцтва архівамі ажыццяўлялася саветнікам па справах архіваў Генеральнага камісарыята «Беларусь». Хоць юрыдычна архівы былі падпарадкаваны мясцовым гарадскім управам, у рэальнасці яны кантраляваліся штабамі Міністэрства па справах усходніх земляў, якія ўвесь час умешваліся ў іх працу і кіравалі вывазам дакументаў, у тым ліку і ў Германію. Акупанты распараджаліся архівамі па ўласным жаданні. Пры іх патуранні найкаштоўнейшыя гістарычныя дакументы спальваліся ў печах, ішлі на бытавыя патрэбы, гінулі ад сырасці, а часта і проста губляліся ў ваеннай блытаніне.

Вывезеныя на тэрыторыю РСФСР дакументы (усяго 1 % ад тых, што захоўваліся ў рэспубліканскіх дзяржархівах) былі размеркаваны паміж расійскімі архівасховішчамі. Згодна са Спецпастнаўленнем Саўнаркама БССР «Аб мерах паляпшэння захоўвання архіўных дакументаў, эвакуіраваных з БССР», прынятай 21 жніўня 1942 г., намеснік начальніка аддзела дзяржархіваў рэспублікі П.П. Старавойтаў павінен быў правесці ўлік эвакуіраваных з Беларусі дакументаў. Таксама яму даручалася прапанаваць меры па забеспячэнні надзейнага захоўвання вывезеных архіваў і іх канцэнтрацыі ў адным месцы. Усе наркаматы і іншыя цэнтральныя ўстановы БССР абавязваліся садзейнічаць аддзелу дзяржархіваў у зборы дакументаў і матэрыялаў па гісторыі вайны. Па выніках вывучэння ўмоў захоўвання эвакуіраваных матэрыялаў П.П. Старавойтаў прыйшоў да высновы, што ў абставінах вайны немагчыма ажыццявіць іх канцэнтрацыю ў адным месцы. Гэта пытанне было адкладзена да вызвалення Беларусі.

У першыя гады вайны з архіўных устаноў Беларусі функцыянаваў толькі Цэнтральны партыйны архіў ЦК КП(б)Б, які быў вывезены з Магілёва ва Уфу. Ён прымаў на захоўванне дакументы падпольных партыйных і камсамольскіх органаў, а таксама партызанскіх фарміраванняў, якія дзейнічалі на тэрыторыі БССР. Акрамя таго, архіў займаўся камплектаваннем дакументаў Камісіі па гісторыі Вялікай Айчыннай вайны, створанай 2 чэрвеня 1942 г. рашэннем ЦК КП(б)Б. Прадстаўнікі камісіі выязджалі ў прыфрантавыя раёны, дзе сустракаліся з франтавікамі – ураджэнцамі Беларусі, партызанамі і падпольшчыкамі, стэнаграфавалі запісы размоў з імі, збіралі дакументы і матэрыялы аб удзеле насельніцтва Беларусі ў Вялікай Айчыннай вайне. Усяго было сабрана больш за 20 тыс. дакументаў і застэнаграфавана каля сотні гутарак. Партархіў ЦК КП(б)Б быў рээвакуіраваны ў Магілёў і ў 1945 г. уключаны ў структуру Інстытута гісторыі партыі пры ЦК КП(б)Б (у 1956 г. ён быў пераведзены ў Мінск).

Праца беларускіх дзяржархіваў актывізавалася ўвосень 1943 г. З лістапада 1943 г. па ліпень 1944 г. ў вызваленых раёнах Беларусі дзейнічалі сумесныя аператыўныя франтавыя групы НКУС і архівістаў. Рухаючыся разам з часткамі Чырвонай Арміі, яны займаліся пошукам страчаных і вывезеных з Беларусі акупантамі архіўных фондаў, а таксама зборам трафейных дакументаў. Усяго ўдалося адшукаць і вярнуць назад каля 1 млн спраў. Ужо ў студзені 1944 г. у некаторых раёнах рэспублікі была адноўлена дзейнасць мясцовых дзяржархіваў.

Напярэдадні вызвалення Мінска, 1 ліпеня 1944 года, Саўнаркам БССР прыняў Пастанаўленне «Аб забеспячэнні захаванасці дакументальных матэрыялаў дзяржаўных і ведамасных архіваў па вызваленні раёнаў ад нямецка-фашысцкіх захопнікаў». Архіўныя органы павінны былі ўзяць на ўлік усе дакументы дзяржаўных і ведамасных архіваў, а таксама матэрыялы акупацыйных органаў і арганізацый. Усе будынкі, якія раней належалі архівам і цяпер займаліся іншымі арганізацыямі і ўстановамі, падлягалі вяртанню даваенным уладальнікам.
Акрамя работ па зборы і захаванні ацалелых дакументаў, архівістам прыйшлося займацца разборам дакументальных фондаў устаноў і арганізацый, створаных нямецкай адміністрацыяй. Архіўныя работнікі дапамаглі выявіць і ўзяць на ўлік 30,1 тыс. асоб, якія супрацоўнічалі з акупантамі.

Пастанаўленнем СНК БССР ад 5 снежня 1944 г. аддзел дзяржархіваў НКУС БССР быў пераўтвораны ва Упраўленне дзяржаўнымі архівамі НКУС БССР. Крыху пазней, у маі 1945 г., орган кіравання архіўнай справай у рэспубліцы быў перайменаваны ў Архіўнае ўпраўленне (АУ) НКУС БССР (з сакавіка 1946 г. – МУС БССР). Акрамя таго, згодна з тым жа Пастанаўленнем СНК, усе мясцовыя выканкамы абавязваліся выдзяляць памяшканні для размяшчэння дакументаў цэнтральных і абласных дзяржархіваў, а там, дзе свабодныя памяшканні адсутнічалі, – дзяржархівам давалі паўразбураныя будынкі для аднаўлення.

Адразу ж пасля вызвалення тэрыторыі Беларусі архіўныя работнікі актыўна ўключыліся ў дзейнасць па аднаўленні разбуранай вайной народнай гаспадаркі. Яны дапамагалі наркаматам і ўпраўленням пры СНК БССР выяўляць праектную, тэхналагічную, канструктарскую дакументацыю, якая была выкарыстана пры адраджэнні Мінска, Брэста, Бабруйска, Віцебска, Гомеля, Мсціслаўля, Пінска, Полацка і іншых населеных пунктаў, пры аднаўленні і арганізацыі работы разбураных прадпрыемстваў і аб’ектаў інфраструктуры. Толькі па афіцыйных водгуках розных устаноў архівы ў 1945–1947 гг. дапамаглі зэканоміць дзяржаве больш за 2 млн рублёў.

Архівы Беларусі разам з усёй краінай вярталіся да мірнага жыцця.