Война и оккупация нанесли колоссальный урон документальному наследию Беларуси: было утрачено около 15 млн дел (из них 3,7 млн находилось в госархивах), уничтожены ценнейшие документы, хранившиеся в библиотеках и музеях; пострадали практически все здания архивов, а их имущество было уничтожено или разграблено. Погибли почти все документы за 1930–1941 гг., которые к началу нападения Германии на СССР находились в организациях. В частности, уже во время одной из первых бомбардировок Минска сгорело большинство материалов Объединенного архива наркоматов, размещавшегося в Доме Правительства. Другой яркий пример – судьба фондов ЦГИА БССР в Могилеве, где перед началом войны хранилось более 382 тыс. дел. Большинство этих документов было безвозвратно утрачено, часть из них была вывезена в Ригу и Белосток. После освобождения Могилева в 1944 г. в архиве оставалось всего 44 дела. Причина такого тяжелого урона была в том, что в первые дни войны основная масса архивных комплексов не была своевременно эвакуирована вглубь страны.

С началом немецкой оккупации НКВД БССР в первую очередь был озабочен спасением собственных документов, а также уничтожением секретных материалов. Секретарь ЦК КП(б)Б П.К. Пономаренко в докладной записке на имя Сталина «Об итогах эвакуации из Белорусской ССР», составленной в июле-августе 1941 г., писал: «Архивы НКВД и НКГБ эвакуированы полностью. Многие наркоматы секретные архивы уничтожили». С территории БССР удалось вывезти более 73 тыс. дел из госархивов Витебской, Вилейской и Гомельской областей. В западной части БССР дело с эвакуацией архивов обстояло сложнее. Из-за сильнейших бомбардировок, которым в первые дни войны подверглись города западных областей Беларуси, вывезти оттуда какие-либо документы было фактически невозможно.

На оккупированной территории общее руководство архивами осуществлялось советником по делам архивов Генерального комиссариата «Белоруссия». Хотя юридически архивы были подчинены местным городским управам, в реальности они контролировались штабами Министерства по делам восточных земель, которые постоянно вмешивались в их работу и руководили вывозом документов, в том числе и в Германию. Оккупанты распоряжались архивами по собственному усмотрению. При их попустительстве ценнейшие исторические документы сжигались в печах, шли на бытовые нужды, погибали от сырости, а зачастую и просто терялись в военной неразберихе.

Вывезенные на территорию РСФСР документы (всего 1 % от хранившихся в республиканских госархивах) были распределены между российскими архивохранилищами. Согласно Спецпостановлению Совнаркома БССР «О мерах улучшения хранения архивных документов, эвакуированных из БССР», принятому 21 августа 1942 г., заместитель начальника отдела госархивов республики П.П. Старовойтов должен был провести учет эвакуированных из Беларуси документов. Также ему поручалось предложить меры по обеспечению надежного хранения вывезенных архивов и их концентрации в одном месте. Все наркоматы и другие центральные учреждения БССР обязывались содействовать отделу госархивов в сборе документов и материалов по истории войны. По результатам изучения условий хранения эвакуированных материалов П.П. Старовойтов пришел к выводу, что в обстоятельствах войны невозможно осуществить их концентрацию в одном месте. Этот вопрос был отложен до освобождения Беларуси.

В первые годы войны из архивных учреждений Беларуси функционировал лишь Центральный партийный архив ЦК КП(б)Б, который был вывезен из Могилева в Уфу. Он принимал на хранение документы подпольных партийных и комсомольских органов, а также и партизанских формирований, действовавших на территории БССР. Кроме того, архив занимался комплектованием документов Комиссии по истории Великой Отечественной войны, созданной 2 июня 1942 г. решением ЦК КП(б)Б. Представители комиссии выезжали в прифронтовые районы, где встречались с фронтовиками – уроженцами Беларуси, партизанами и подпольщиками, стенографировали записи бесед с ними, собирали документы и материалы об участии населения Беларуси в Великой Отечественной войне. Всего было собрано более 20 тыс. документов и застенографировано около сотни бесед. Партархив ЦК КП(б)Б был реэвакуирован в Могилев и в 1945 г. включен в структуру Института истории партии при ЦК КП(б)Б (в 1956 г. он был переведен в Минск).

Работа белорусских госархивов активизировалась осенью 1943 г. С ноября 1943 г. по июль 1944 г. в освобожденных районах Беларуси действовали совместные оперативные фронтовые группы НКВД и архивистов. Двигаясь вместе с частями Красной Армии, они занимались поиском утерянных и вывезенных из Беларуси оккупантами архивных фондов, а также сбором трофейных документов. Всего удалось отыскать и вернуть обратно около 1 млн дел. Уже в январе 1944 г. в некоторых районах республики была восстановлена деятельность местных госархивов.

Накануне освобождения Минска, 1 июля 1944 года, Совнарком БССР принял Постановление «Об обеспечении сохранности документальных материалов государственных и ведомственных архивов по освобождении районов от немецко-фашистских захватчиков». Архивные органы должны были взять на учет все оставшиеся документы государственных и ведомственных архивов, а также материалы оккупационных органов и организаций. Все здания, ранее принадлежавшие архивам и ныне занимаемые другими организациями и учреждениями, подлежали возвращению довоенным владельцам.

Кроме работ по сбору и сохранению уцелевших документов, архивистам пришлось заниматься разбором документальных фондов учреждений и организаций, созданных немецкой администрацией. Архивные работники помогли выявить и взять на учет 30,1 тыс. лиц, сотрудничавших с оккупантами.

Постановлением СНК БССР от 5 декабря 1944 г. отдел госархивов НКВД БССР был преобразован в Управление государственными архивами НКВД БССР. Чуть позже, в мае 1945 г., орган управления архивным делом в республике был переименован в Архивное управление (АУ) НКВД БССР (с марта 1946 г. – МВД БССР). Кроме того, согласно тому же Постановлению СНК, все местные исполкомы обязывались предоставлять помещения для размещения документов центральных и областных госархивов, а там, где свободные помещения отсутствовали, – госархивам предоставляли полуразрушенные здания для восстановления.

Сразу же после освобождения территории Беларуси архивные работники активно включились в деятельность по восстановлению разрушенного войной народного хозяйства. Они помогали наркоматам и управлениям при СНК БССР выявлять проектную, технологическую, конструкторскую документацию, которая использовалась при возрождении Минска, Бреста, Бобруйска, Витебска, Гомеля, Мстиславля, Пинска, Полоцка и других населенных пунктов, при восстановлении и организации работы разрушенных предприятий и объектов инфраструктуры. Только по официальным отзывам различных учреждений архивы в 1945–1947 гг. помогли сэкономить государству более 2 млн рублей.

Белорусские архивы вместе со всей страной возвращались к мирной жизни.